Tourisme de masse et perturbations humaines : l'accès des humains aux zones d'habitat naturel, la curiosité des touristes ainsi que l’absence de scrupules de certains moniteurs de plongée perturbent les phoques et gênent leur reproduction. Le tourisme de masse a eu un impact significatif sur cette espèce déjà en déclin.
Nouveaux habitats inadaptés : les femelles sont contraintes de mettre bas dans des zones relativement épargnées (les grottes marines), mais elles y sont particulièrement exposées aux vagues et au mauvais temps. Cette situation menace la survie des bébés phoques qui risquent d'être emportés par une vague ou blessés, voire noyés, lors les tempêtes qui frappent leurs grottes de naissance.
Pollution des côtes et des mers : l'intensité croissante du trafic maritime et l'augmentation consécutive de la pollution de l'environnement marin peut menacer les phoques et réduire les stocks de poisson. Les polluants proviennent des déchets de bateaux ou d'activités terrestres, des accidents en mer et des écoulements d'origine domestique ou agricole.
Disponibilité de la nourriture en baisse : les ressources alimentaires des phoques moines ont été réduites par l'extension des zones de pêche côtière. La réduction des stocks de poisson peut entraîner une pénurie de nourriture pour les phoques et par conséquent une fragilisation de leur état de santé qui peut nuire à leur reproduction.
Captures accidentelles dans les filets de pêche : les bébés sont menacés par les filets de pêche posés près de leurs grottes : ils risquent de s'y faire prendre et de se noyer. L'augmentation de la pêche côtière et l'utilisation de nouvelles techniques de pêche peuvent rendre la mer plus dangereuse pour les phoques, en partie parce que ce sont des animaux très curieux.
Abattages délibérés par les pêcheurs traditionnels : les pêcheurs traditionnels sont réputés considérer les phoques adultes comme des nuisances et des concurrents pour des ressources de plus en plus rares. Bien que ce soit strictement interdit, des phoques moines sont encore parfois dynamités ou abattus.
Maladies et algues toxiques : les biotoxines sont des poisons mortels qui peuvent générer une mortalité massive. Elles paralysent les phoques lorsqu'ils plongent, ce qui provoque leur noyade. Les virus et les parasites peuvent également causer de graves épidémies.
Appauvrissement génétique : les phoques moines présentent une très faible variabilité génétique. Les distances géographiques séparant les populations méditerranéennes de celles de l'Atlantique sont si grandes que le brassage génétique est fort peu probable.












